云南天文台是我国南部地区唯一的综合性天文台，对中国天文学发展具有重要战略意义。云南天文台的前身可追溯至抗战期间西迁至昆明的中央研究院天文研究所，1938年，原中央研究院天文研究所从南京迁到云南省昆明市东郊凤凰山（现云南天文台凤凰山本部），抗战胜利后迁回南京，在凤凰山留下一个工作站。《1956—1967年科学技术发展远景规划纲要》（我国第一个中长期科技规划）确定在我国低纬度地区建立南方天文台，1972年，经国家计委批准，成立中国科学院云南天文台。2001年，经中央机构编制委员会批准，将北京天文台、云南天文台等单位整合为国家天文台，云南天文台保留原级别和独立法人地位。

云南天文台现有天文学一级学科博士、硕士研究生培养点（下设天体物理、天体测量与天体力学、天文技术与方法3个二级学科博士、硕士研究生培养点）和电子信息专业型硕士研究生培养点，设有天文学博士后流动站1个。

经过几代人近90年的艰苦奋斗和长期积累沉淀，云南天文台逐步形成了以昆明凤凰山本部园区为中心，南方天文观测基地（丽江站）、抚仙湖太阳观测和研究基地（澄江站）、景东站（在建）和无名山观测站（筹）为观测基地的“一园多站”地域分布格局；逐渐形成了包括恒星物理、太阳物理、应用天文等一批特色优势研究方向。

云南天文台与英国剑桥大学和牛津大学、美国哈佛-史密松天体物理中心和伊利诺伊大学香槟分校、德国马普学会和海德堡大学、日本国立天文台、澳大利亚国立大学等国外顶尖天文研究机构建立了长期稳定的合作关系；面向南亚东南亚和“一带一路”国家，发挥辐射带动作用，与俄罗斯、南非、乌兹别克斯坦等国家，深化合作开展广泛交流。

截至2025年4月，云南天文台有职工298人、研究生161人；科技人才队伍178人，其中中国科学院院士1人，正高46人、副高63人。

云南天文台多项科技成果获得国家和省部级科技奖励，包括国家自然科学奖二等奖1项、云南省特殊贡献奖（云南省最高科技奖励）1项、月球探测工程特殊贡献奖1项、云南省科技进步特等奖1项，云南省自然科学特等奖1项，云南省自然科学奖一等奖7项；多人次获得全国重要人才奖励，包括何梁何利科学与技术进步奖1人、中国青年科技奖3人，中国青年女科学家奖1人、中国科学院青年科学家奖1人。